Jediné muzeum umění v Jihočeském kraji.
Galerie se zaměřuje na sbírky gotických děl z jižních Čech, Šumavy a dalších děl evropského umění z 16. - 19. století. Mimo jiné patří mezi pět největších ústavů tohoto druhu v České republice. Jak už název napovídá, galerie byla pojmenována po jihočeském malíři Mikoláši Alšovi.
Hlavním sídlem galerie je jízdárna zámku Hluboká nad Vltavou. Od roku 1967 byla zřízena pobočka se zaměřením na keramiku, která se nachází v budově někdejšího zámeckého pivovaru v Bechyni. I v Českých Budějovicích byl otevřen Wortnerův dům AJG pro účely výstav. Ten však od roku 2018 prochází rozsáhlou rekonstrukcí.
V galerii je k vidění jak stálá expozice, tak i dočasné výstavy. Na umění je zde zaměřená i zdejší rozsáhlá knihovna, která je volně přístupná veřejnosti. Kromě výstav se zde konají další doprovodné programy jako koncerty, vernisáže nebo výtvarné kurzy.